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怀孕后确定孩子的爸爸，可以采取基因鉴定的办法来明确，通过遗传物质的匹配程度来确定。
1、无创的亲子鉴定，在怀孕中期抽取孕妇的外周血，提取外周血中胎儿的DNA，将胎儿DNA与男方的DNA进行比对，鉴定胎儿和此男性有无亲子关系；
2、有创性检查，怀孕中期羊水穿刺提取羊水，分离羊水中脱落细胞，细胞中有胎儿的DNA，提取DNA并和男方的DNA进行对比，也能够进行亲子鉴定。有创性的亲子鉴定可能有一些风险，要去有资质的三级进行该检查。一般排卵期同房怀孕的概率更大，就女性本身而言自己可以回忆在更接近排卵日的那一天同房的男性，一般就是孩子的爸爸。如果两个男性同房时间相差不到3天，需要通过亲子鉴定的办法来明确谁是爸爸。
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